Filogeneza arbo: Malsamoj inter versioj

1 672 bitokojn aldonis ,  antaŭ 10 jaroj
sen resumo de redaktoj
e (lingvo-ligiloj)
[[Image:Simplified tree.png|thumb|right|400px|Simpliĝa arbo pri ĉiuj vivaĵoj]]
'''Filogenetika arbo''' estas arboforma skemo, kiu bildigas kiel el unu [[specio]] [[evoluo|evoluis]] pluraj.
'''Arkreskiĝa arbo''' estas arboforma skemo figuranta la parenceco inter aroj, ofte [[specio]]j, kiuj havas kunan prapatron. Tiuj aroj estas nomataj folioj. Ĉiu nodo el la arbo figuras teoria prapatro el ĉiuj ties idoj; ĝia nomo estas tiu el ĉiuj la idaj branĉoj, sed ne tiu de la prapatro, ĉar ne eblas distingi lin. La arbo povas esti radikata aŭ ne. [[Karolo Darvino]] estis unu el la unuaj sciencistoj kiuj proponis figura la specia historio per arbo. Plejofte, la arkreskiĝaj arboj estas [[Kladistiko|kladistikaj]].
 
En arbo, ne eblas figuri la horizontalaj transiroj, kaj nova figurilo kreskas, la arkreskiĝa reto, kiu permesas ilin.
:'''Filogenetikaj diskutoj/vidpunktoj:'''
 
Estas pluraj metodoj por fari tiuj arboj. pli malpli rapidaj kaj fidindaj.
:Du alternativaj vid-punktoj
 
== Metodoj ==
:'''La "arkioj-arbo":'''
 
Pluraj kriterioj povas esti maksimuigi en la arbo: distanco, malmultekosteco, aŭ fidindeco.
________________ [[Eŭbakterio|Eŭbakterioj]]
/
/ ____ [[Eŭriarkeoto|Eŭriarkeotoj]]
_____/ ___Arkioj__/
\_/ \ 
\ \___ [[Krenarkeoto-Eocito|Krenarkeotoj-Eocitoj]]
\  
\______________ [[Eŭkarioto|Eŭkariotoj]]
 
=== Distanco ===
Por la metodoj pri la distanco, temas pri elekti la distanca kriterio inter la arbaj folioj. Ekzemple, se tiuj folioj estas [[DNA|DNA sekvoj]], oni povas elekti la nombro de malsamaj [[nukleotido]]j. Por fari tion, endas vicigi la sekvoj.
<br />Poste oni elektas metodo kiel [[UPGMA]] aŭ [[Neighbour Joining]] por fari la arbo el la distancoj.
 
=== Malmultekosteco ===
:'''La "eocitoj-arbo":'''
La metodoj pri malmultekosteco, estas ĉefe uzataj por la formaj studoj. Por la molekulaj studoj, tio signifas trovi la arbo kiu malmaksimumigas la nombro de [[mutacio]]j, el unu sekvo al la alia. Tiu metodo serĉas la arbo la plej malmultekosta en ŝanĝoj. Tio estas bazita sur la [[raziklingo de Ockham]]. Tiuj metodoj supozas ke la [[konverĝa evoluo]] estas sufiĉe maloftaj, ĉar la plaj mallonga arbo estas tiu, kiu havas malmulte da konverĝado.
 
Estas tri ŝtupoj:
_________________ [[Eŭbakterio|Eŭbakterioj]]
* serĉi ĉiujn la arbojn eblajn,
/
* mezuri la longeco de ĉiu arbo,
/ ________________ [[Eŭriarkeoto|Eŭriarkeotoj]]
* elekti la plej mallonga.
_____/ /
Plejofte, la nombro de eblaj arboj estas tro granda por ke eblas serĉi ĉiuj (eĉ per la plej potencaj komputiloj). Bezonas do fari [[algoritmo]] kiu trovas unu el la plej mallongaj arboj, sed oni ne povas certi ke ĝi estas la plej mallonga.
\_/
\ _______________ [[Krenarkeoto-Eocito|Krenarkeotoj-Eocitoj]]
\/
\_______________ [[Eŭkarioto|Eŭkariotoj]]
 
Per tiuj metodoj, la arboj estas neradikataj, tamen la uzo de eksternaj aroj (angle ''Out Groups'') permesas poste enmeti la radikon.
 
=== Fidindeco ===
Finfine, la metodoj pri fidindeco estas bazitaj sur la maksimuma findindeco. Konante la mutacia kvanto por ĉiu [[nukleotido]], oni estimas la findindeco de la arboj.
 
== Eksteraj ligiloj ==
{{en}} [http://tolweb.org/tree/ ''Tree of Life Web Project'']
 
<!-- Damit ist ein phylogenetischer Baum eine Form des