Filogeneza arbo: Malsamoj inter versioj
| [nekontrolita versio] | [nekontrolita versio] |
Enhavo forigita Enhavo aldonita
e lingvo-ligiloj |
Neniu resumo de redakto |
||
Linio 1:
[[Image:Simplified tree.png|thumb|right|400px|Simpliĝa arbo pri ĉiuj vivaĵoj]]
'''Arkreskiĝa arbo''' estas arboforma skemo figuranta la parenceco inter aroj, ofte [[specio]]j, kiuj havas kunan prapatron. Tiuj aroj estas nomataj folioj. Ĉiu nodo el la arbo figuras teoria prapatro el ĉiuj ties idoj; ĝia nomo estas tiu el ĉiuj la idaj branĉoj, sed ne tiu de la prapatro, ĉar ne eblas distingi lin. La arbo povas esti radikata aŭ ne. [[Karolo Darvino]] estis unu el la unuaj sciencistoj kiuj proponis figura la specia historio per arbo. Plejofte, la arkreskiĝaj arboj estas [[Kladistiko|kladistikaj]].
En arbo, ne eblas figuri la horizontalaj transiroj, kaj nova figurilo kreskas, la arkreskiĝa reto, kiu permesas ilin.
Estas pluraj metodoj por fari tiuj arboj. pli malpli rapidaj kaj fidindaj.
== Metodoj ==
Pluraj kriterioj povas esti maksimuigi en la arbo: distanco, malmultekosteco, aŭ fidindeco.
=== Distanco ===
Por la metodoj pri la distanco, temas pri elekti la distanca kriterio inter la arbaj folioj. Ekzemple, se tiuj folioj estas [[DNA|DNA sekvoj]], oni povas elekti la nombro de malsamaj [[nukleotido]]j. Por fari tion, endas vicigi la sekvoj.
<br />Poste oni elektas metodo kiel [[UPGMA]] aŭ [[Neighbour Joining]] por fari la arbo el la distancoj.
=== Malmultekosteco ===
La metodoj pri malmultekosteco, estas ĉefe uzataj por la formaj studoj. Por la molekulaj studoj, tio signifas trovi la arbo kiu malmaksimumigas la nombro de [[mutacio]]j, el unu sekvo al la alia. Tiu metodo serĉas la arbo la plej malmultekosta en ŝanĝoj. Tio estas bazita sur la [[raziklingo de Ockham]]. Tiuj metodoj supozas ke la [[konverĝa evoluo]] estas sufiĉe maloftaj, ĉar la plaj mallonga arbo estas tiu, kiu havas malmulte da konverĝado.
Estas tri ŝtupoj:
* serĉi ĉiujn la arbojn eblajn,
* mezuri la longeco de ĉiu arbo,
* elekti la plej mallonga.
Plejofte, la nombro de eblaj arboj estas tro granda por ke eblas serĉi ĉiuj (eĉ per la plej potencaj komputiloj). Bezonas do fari [[algoritmo]] kiu trovas unu el la plej mallongaj arboj, sed oni ne povas certi ke ĝi estas la plej mallonga.
Per tiuj metodoj, la arboj estas neradikataj, tamen la uzo de eksternaj aroj (angle ''Out Groups'') permesas poste enmeti la radikon.
=== Fidindeco ===
Finfine, la metodoj pri fidindeco estas bazitaj sur la maksimuma findindeco. Konante la mutacia kvanto por ĉiu [[nukleotido]], oni estimas la findindeco de la arboj.
== Eksteraj ligiloj ==
{{en}} [http://tolweb.org/tree/ ''Tree of Life Web Project'']
<!-- Damit ist ein phylogenetischer Baum eine Form des
| |||