Pro ĝia strategia situo sur la trafikvojo de oriento al okcidento trans la [[Ĵurasa Montaro]] jam dum [[mezepoko]] Pontarlier estis grava komerca centro. Dum la 10-jara Milito de FranFranĉ-Konteo en januaro [[1639]] la urbo estis okupita kaj poste rabobruligita.