Post la alianco kun Francio revolucia, [[Manuel Godoy]] intencis realigi iajn reformojn kaj kalkuli kun plej gravaj tiamaj kleristoj, pro kio li proponis al Jovellanos postenon de ambasadoro en [[Rusio]] sed tiu malakceptiĝin. Tamen en [[novembro]] de [[1797]] li akceptis la postenon de [[ministro]] pri juraj aferoj ekde kie li klopodis reformi [[justico]]n kaj malgrandigi la influon de la [[Inkvizicio]], sed post naŭ moonatoj en la registaro li demiziis la [[16-a de aŭgusto]] de [[1798]] kaj revenis al Ĥiĥono. <!--AllíTie proyectóli planis la creaciónkreadon de unaAkademio AcademiaAsturia Asturianakiu quecelus tendría como función ella estudiostudon de la historiahistorio ykaj de la [[idiomaAsturia asturianolingvo|lenguaasturia asturianalingvo]], ykaj elaboróprilaboris 200 fichas deŝlipojn léxicopri delasturia asturianovortotrezoro.
En [[diciembredecembro]] de [[1800]], traspost la destituciónelpostenigo de [[Mariano Luis de Urquijo]]como ministro dekiel Estadoĉefministro, vuelverevenis [[Manuel Godoy|Godoy]] al poderla povo ykaj ordenaordonis la detenciónareston de Jovellanos <!--el [[13 de marzo]] de [[1801]] y su destierro a [[Mallorca]], primero al monasterio de la Real Cartuja de Jesús de Nazaret donde fue bien tratado por los monjes —en el actual municipio de [[Valldemosa]]— y luego a la prisión del [[castillo de Bellver]]. Durante los años de prisión empeoran sus problemas físicos y aumenta su religiosidad. Poco a poco, y gracias a que conservaba el sueldo de ministro, compró muebles lujosos y muchos libros, pese a padecer [[catarata]]s. Liberado el [[6 de abril]] de [[1808]], tras el [[motín de Aranjuez]], rechazó formar parte del gobierno de [[José I de España|José Bonaparte]] y representó a [[Principado de Asturias|Asturias]] en la [[Junta Central]] gobierno del que realizó su reglamento junto a [[Martín de Garay]]. Desde él impulsó la reunión de la Asamblea dirigiendo la comisión de Cortes, pero la entrada de los franceses en Andalucía obligó al gobierno a dejar Sevilla y refugiarse en Cádiz. La propaganda de los aristócratas que se negaban a la reunión de Cortes provocó la caída de la Junta Central y la instauración de una Regencia, cuyo reglamento fue redactado de nuevo por Jovellanos y Martín de Garay. Las calumnias vertidas contra los centrales hizo que varios estos abandonasen Cádiz como ocurrió con Jovellanos que se embarcó con rumbo a Asturias, pero una tempestad le condujo a [[Muros de Nalón|Muros]] el [[6 de marzo]] de [[1810]]. Permaneció en Galicia varios meses y escribió la justificación política de su actuación en la Junta Central, ''Memoria en defensa de la Junta Central'', que se imprimió en [[La Coruña]]. Tras la marcha de los franceses de Gijón, el [[27 de julio]] de 1811 dejó [[Galicia]] y volvió a Gijón, aunque un contraataque francés hizo que tuviera que marcharse una vez más. Enfermo de pulmonía murió en [[Puerto de Vega]] el [[27 de noviembre]] de [[1811]].
