Filogeneza arbo: Malsamoj inter versioj

44 bitokojn aldonis ,  antaŭ 8 jaroj
Distingigo inter filogenetiko (scienca fako) kaj filogenezo (procezoj, kiujn oni studas en tiu fako. Multaj lingvaj ĝustigoj.
e (Moonbri movis paĝon Arkreskiĝa arbo al Filogenetika arbo anstataŭigante alidirektilon: La vorto "arkreskiĝa" estas sensenca kaj montras konfuziĝon pri la konceptoj)
(Distingigo inter filogenetiko (scienca fako) kaj filogenezo (procezoj, kiujn oni studas en tiu fako. Multaj lingvaj ĝustigoj.)
[[Image:Simplified tree.png|thumb|right|400px|SimpliĝaSimpligita arbo pri ĉiuj vivaĵoj]]
'''Arkreskiĝa arbo''', '''EvoluaFilogeneza arbo''' aŭ '''FilogenetikaEvolua arbo''' estas arboforma skemo figurantamontranta la [[arkreskiĝo[[filogenetiko|filogenezo]]]]n, tio estas la parenceco inter arojgrupoj, ofte [[specio]]j, kiuj havas kunan prapatron. Tiuj arojgrupoj estas nomataj [[Glosaro_de_grafeteorio#Arboj|folioj]]. Ĉiu nodo elen la arbo figuras teoriateorian prapatroprapatron elde ĉiuj ties idoj; ĝia nomo estas tiu el ĉiuj la idaj branĉoj, sed ne tiu de la prapatro, ĉar ne eblas distingi lin. La arbo povas esti radikataradika aŭ ne. [[Karolo Darvino]] estis unu el la unuaj sciencistoj kiuj proponis figuramontri la speciahistorion historiode specioj per arbo. PlejoftePlej ofte, la arkreskiĝajfilogenezaj arboj estas [[Kladistiko|kladistikaj]].
 
En arbo, ne eblas figurimontri la horizontalajhorizontalajn transirojtransirojn, kaj en filogenetiko disvolviĝas nova figurilo kreskasmodelo, la arkreskiĝafilogeneza reto, kiu permesas ilintion.
 
EstasEkzistas pluraj metodoj por fari tiuj arboj. pli malpli rapidaj kaj fidindaj, por fari tiujn arbojn.
 
== Metodoj ==
 
PlurajEblas kriteriojoptimumigi povasdiversajn esti maksimuigikriteriojn en la arbo: distanco, ŝparecoŝparemo, aŭ fidindecoverŝajneco.
 
=== Distanco ===
PorĈe la metodoj pri la distanco, temasla priunua elektikriterio larilatas distancaal kriteriola distanco inter la arbajestontaj folioj de la arbo. Ekzemple, se tiuj folioj estas [[DNA|DNA sekvoj-sekvencoj]], oni povas elekti la nombronombron de malsamaj [[nukleotido]]j. Por fari tion, endasnecesas vicigi la sekvojsekvencojn.
<br />Poste oni elektaspovas metodouzi kiella metodojn [[UPGMA]] aŭ [[Neighbour Joining]] por faridedukti la arbo el laties distancojarbostrukturon.
 
=== ŜparecoŜparemo ===
La metodoj pri ŝpareco,ŝparemo estas ĉefe uzataj por la formajmorfologiaj studoj. Por laĈe molekulaj studojaliroj, tio signifas trovi la arboarbon kiu malmaksimumigasminimumigas la nombronombron de [[mutacio]]j, elforigoj kaj aldonoj inter unu sekvosekvenco alkaj la alia. Tiu metodo serĉas la arboarbon la plej ŝparaŝpareman enje ŝanĝoj. Tio estas bazitabaziĝas sur la [[raziklingorazilo de Ockham|razilo de Okam]]. Tiuj metodoj supozas ke la [[konverĝa evoluo]] estas sufiĉe maloftajmalofta, ĉar la plajplej mallonga arbo estas tiu, kiu havas malmulte da konverĝado.
 
Estas tri ŝtupoj:
* serĉi ĉiujn lan arbojnde eblajn,ĉiu arbo,
* elekti la plej mallongamallongan.
* mezuri la longeco de ĉiu arbo,
PlejoftePlej ofte, la nombro de eblaj arboj estas tro granda por ke eblaseblu serĉi ĉiujĉiujn (eĉ per la plej potencaj komputiloj). BezonasNecesasas do fari [[algoritmo]]n kiu trovas unu el la plej mallongaj arboj, sed oni ne povas certi ke ĝi estas la plej mallonga.
* elekti la plej mallonga.
Plejofte, la nombro de eblaj arboj estas tro granda por ke eblas serĉi ĉiuj (eĉ per la plej potencaj komputiloj). Bezonas do fari [[algoritmo]] kiu trovas unu el la plej mallongaj arboj, sed oni ne povas certi ke ĝi estas la plej mallonga.
 
Per tiuj metodoj, la arboj estas neradikatajneradikaj, tamen la uzo de eksternajeksteraj arojgrupoj (angle ''Out Groups'') permesas poste enmeti la radikon.
 
=== FidindecoVerŝajneco ===
FinfineFine, la metodoj pri fidindecoverŝajneco estas bazitajbaziĝas sur la maksimuma findindecoverŝajneco. Konante la mutaciamutacian kvantokvanton por ĉiu [[nukleotido]], oni estimastaksas la findindecoverŝajnecon de la arboj.
 
==Vidu ankaŭ==
585

redaktoj