DNA-vicrivelado: Malsamoj inter versioj

[nekontrolita versio][kontrolita revizio]
Enhavo forigita Enhavo aldonita
Addbot (diskuto | kontribuoj)
e Roboto: Forigo de 26 interlingvaj ligiloj, kiuj nun disponeblas per Vikidatumoj (d:q380546)
ligilo
Linio 1:
Fajna'''DNA-vicrivelado''' estas fajna karakterizo de geno bezonigas ties sinsekvo-rivelon, tio estas koni la kvanton, la naturon kaj la vicordon de la nukleotidoj kiuj konsistigas ĝin. Koni la situon de [[Nukleotido|nukleotidoj]] ebligas ekzemple koni la diversajn tranĉejojn por pli bone manipuli ilin. Fine, la en-silicia (perkomputila) tradukado de la nukleotida sinsekvo en aminoacidan sinsekvon ebligas eventuale konfirmi aŭ proponi funkcion por la [[proteino]] kodata de la geno.
 
Pluraj DNA-vicrivelaj teknikoj ekzistas, sed ni nur priskribos ĉi tie la principon de enzima vicrivelado per enkorpigo de dudeoksinukleotidoj. La dudeoksinukleotidoj (ddNTP) estas modifitaj deoksinukleotidoj kiuj kapablas integriĝi en sinteziĝantan DNA-fadenon, sed malebligante la enkorpigon de normale poste sekvanta [[nukleotido]]. Alidirite, la enkorpigo de ddNTP blokas la daŭrigon de DNA-plilongiga procezo.
Linio 6:
[[Dosiero:DNA_vicrivelo_principo.gif|thumb|right|250px|'''Baza DNA-vicrivela principo:''' ddNTP blokas la plilongiĝon de DNA rezultante el apero de diverslongaj fragmentoj kiujn eblas disigi kaj ordigi por riveli la tutan sinsekvon.]]
 
Nukleotida [[prajmilo]] estas hibridita kun la unufadena DNA-fragmento kies sinsekvon oni volas determini. Ekde la 3'-OH finaĵo de la prajmilo, DNA-[[DNA-polimerazo]] sintezas la DNA-fadenon komplementan al la DNA-matrico ĉeeste de deoksiribonukleotidoj. Unu el la deoksiribonukleotido devas esti markita (ĉu radioaktive, ĉu fluoreske). La miksaĵo estas poste kvaronigita en 4 tubojn markitajn A, C, T kaj G. Ĉiu el tiuj tuboj enhavas, krom la 4 tipojn de dNTP, la ddNTP-n korespondantan (ddATP aŭ ddCTP aŭ ddGTP aŭ ddTTP). En ĉiu tubo, la aldonita ddNTP estas enkorpigita en la plilongiĝantajn fragmentojn.
 
Ĉiufoje ke ddNTP estas enkorpigita ĉe iu pozicio, la faden-plilongiĝado haltas ĉe tiu punkto kaj tiel estiĝas aro da molekuloj kun malsamaj longecoj, sed ĉiuj finiĝantaj per la sama ddNTP por unu aparta tubo. Se la dNTP kaj la ddNTP korespondanta aldoniĝas je adekvataj kvantoj, ĉiuj DNA-fragmentoj ĵuse sintezitaj kaj finiĝantaj per tiu ddNTP estos reprezentitaj. La enhavo de la 4 tuboj A, C, T kaj G estas sekve analizita per [[elektroforezo]] en akrilamida ĝelo je denaturigaj kondiĉoj (aŭ per har-dika elektroforezilo). La nove sintezitaj diversaj markitaj fragmentoj migras laŭ sia longeco kaj disiĝas laŭ sia nukleotid-nombro. Memradiografio (se uzo de radioaktive markitaj nukleotidoj) aŭ rivelo per fluoresko (se uzo de fluoreskaj nukleotidoj) estas realigita post migrado de la molekuloj en la ĝelo. La sinsekvo 5'-P->3'-OH de la nove sintezita fadeno legiĝas de malsupre supren, komparante la relativajn poziciojn de la bandoj en la 4 migrotrakoj.
{{clear}}
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
== Aŭtomata vicrivelado ==
 
Linio 32 ⟶ 24:
 
Reakcifine, la denaturitaj DNA-fragmentoj estas disigitaj per migrigo en plur-akrilamida ĝelo aŭ en hardika elektroforeza matrico. La DNA-fragmentoj aŭtomate analiziĝas elire de la ĝelo per laser-sistemo kiu ebligas identigi la fluoreskenzon. La rezultoj estas enkomputiligitaj kaj bitprogramo ebligas elkomputi kromatografion korespondantan al la sinsekvo.
{{clear}}
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
<br />
 
=== Fluoreska finilo ===