La kirko konstruiĝis super la familia domo kaj naskiĝloko de [[Johano la Baptisto]], do en la loko en kiu [[Maria (patrino de Jesuo)|Maria]], la estonta patrino de Jesuo, post vojaĝo „al urbo en la montaro de [[Judeo]]“ ([[evangelio laŭ Luko]] 1:39), renkontis la gravedan [[Elizabeto (patrino de Johano la Baptisto)|Elizabeton]], kaj laŭ la kristanisma tradicio diris la preĝon [[Magnificat]] {{([[evangelio laŭ Luko]] 1:39-56}}). La kirko havas naturan groton, kiu jam en la epoko de la [[bizanca imperio]] estis loko de kristana preĝado kaj pilgrimado. En la jaro 638 la groto kiel naskiĝloko de Johano la Baptisto enpreniĝis en la Georgian Kalendaron de Festoj. En tiu tempo ankaŭ konstruiĝis la suba kirko. Dum la epoko de la [[krucimilitistaj ŝtatoj]] super tiu kirko konstruiĝis granda duetaĝa kirko, kiu tamen disfalis por la forpelo de la krucmilitistoj el la regiono. La franciskanoj en 1679 aĉetis la terenon, sed nur post preskaŭ du jarcentoj da petado kaj atendado ili de la lokaj regantoj de la [[otomana imperio]] ricevis la permeson rekonstrui la kirkon: la suba kirko restaŭriĝis en 1862, kaj nova supra kirko estis starigita inter la jaroj 1939 kaj 1955 fare de la itala arkitekto ''Antonio Barluzzi''.
