Centra en la rakonto estas la [[otakuo]] Thomas Anderson [tomas ander-son], dumtage komputila programisto, sed nokte kodkanajlo sub la nomo "Neo". Li renkontas bandon da ribeluloj, kies estro Morpheus [morfjus]Morfeo klarigas, ke la tuta mondo estas iluzio — nomata la Matrico — kreita de la maŝinoj, kiuj efektive regas la mondon.
MorpheusMorfeo liberigas Neon el la Matrico, kredante lin "Tiu", kiu (laŭ profetaĵo de virino nomata "la Orakolo") detruos la Matricon kaj savos la homaron. Neo skeptikas, sed li trejniĝas kaj lernas transpasi la regulojn de la iluzio, ĝis, ene de tiu mondo, li fariĝas ia superhomo. Li ankaŭ komencas enamiĝi kun ribelantino Trinity [trini-ti]Triunua.
La bando estas konstante ĉasata de la Agentoj — konsciaj programoj, kiuj kapablas eviti kuglojn, detrui murojn per la pugno, kaj eĉ anstataŭigi iun ajn alian Matricanon per si. Kiam unu ribelulo perfidas la bandon, la Agentoj kaptas MorpheusMorfeo. Neo kaj TrinityTriunua reeniras en la Matricon kaj sukcesas savi lin, sed Neo estas tie mortpafita de Agento Smith [smif].
En la reala mondo, TrinityTriunua tamen rifuzas akcepti lian morton, kaj flustras al li, ke ŝi nun kredas pri la profetaĵo. Neo reviviĝas en la Matrico kaj, kun nova kapablo rekte percepti ĝian iluziecon, li senpene detruas Agenton Smith.
