Post la alianco kun Francio revolucia, [[Manuel Godoy]] intencis realigi iajn reformojn kaj kalkuli kun plej gravaj tiamaj kleristoj, pro kio li proponis al Jovellanos postenon de ambasadoro en [[Rusio]] sed tiu malakceptiĝin. Tamen en [[novembro]] de [[1797]] li akceptis la postenon de [[ministro]] pri juraj aferoj ekde kie li klopodis reformi [[justico]]n kaj malgrandigi la influon de la [[Inkvizicio]], sed post naŭ moonatoj en la registaro li demiziis la [[16-a de aŭgusto]] de [[1798]] kaj revenis al Ĥiĥono. Tie li planis la kreadon de Akademio Asturia kiu celus la studon de la historio kaj de la [[Asturia lingvo|asturia lingvo]], kaj prilaboris 200 ŝlipojn pri asturia vortotrezoro.
En [[decembro]] de [[1800]], post la elpostenigo de Mariano Luis de Urquijo kiel ĉefministro, revenis [[Manuel Godoy|Godoy]] al la povo kaj ordonis la areston de Jovellanos <!--ella [[13-a de marzomarto]] de [[1801]] ykaj suties destierroekzilon aal [[MallorcaMajorko]], primerounue al monasterio de la Real Cartujamonaĥejo de Jesúsla de Nazaret donde fue bien tratado por los monjes —en el actualnuna municipiomunicipo de [[Valldemosa]]—ykaj luegoposte aal la prisiónprizono delde la [[castillokastelo de Bellver]]. DuranteDum losla añosjaroj de prisiónprizono empeoranmalboniĝis susliaj problemasfizikaj físicosproblemoj ykaj aumentapligrandiĝis sulia religiosidadreligieco. PocoLiberigita a poco, y gracias a que conservaba el sueldo de ministro, compró muebles lujosos y muchos libros, pese a padecer [[catarata]]s. Liberado ella [[6-a de abrilaprilo]] de [[1808]], traspost ella [[motínTumulto de Aranjuez]], rechazómalalceptis formarformi parteparton delde la gobiernoregistaro de [[JoséJoseph IBonaparte|Jozefo dela España|José Bonaparte1-a]] ykaj representó areprezentis [[Principado de AsturiasAsturio|AsturiasAsturion]] en la [[Juntaregistaro Central]]de gobiernola del''Junta queCentral'', realizókies suregularon reglamentoredaktis juntokun a [[Martín de Garay]]. DesdeTiu élregistaro impulsópost la reunióneniro de la Asamblea dirigiendo la comisión de Cortes, pero la entrada de los francesesfrancoj en AndalucíaAndaluzio obligódevis al gobierno a dejarabandoni SevillaSevilon ykaj refugiarserifugiĝi en CádizKadizo. La propagandapropagando de losla aristócratasnobeluloj quekiuj se negaban a lamalakceptis reuniónkunsidon de CortesKortezoj provocóprovokis la caídafalon de la Junta Central ykaj la instauraciónstarigon de una RegenciaRegenteco, cuyokies reglamentoregularo fueestis redactadoredaktita denove de nuevo por Jovellanos ykaj Martín de Garay. LasLa calumniaskalumnioj vertidaskontraŭ contrala loscentrajuntistoj centraleskondukis hizokelkajn queel variostiuj estosabandoni abandonasenKadizon, Cádizkaj comotion ocurriósame confaris Jovellanos quekiu seelŝipiĝis embarcó con rumbo aal AsturiasAsturio, perosed unaŝtormo tempestadkondukis lelin condujoal a [[Muros de Nalón|Muros]] ella [[6-a de marzomarto]] de [[1810]]. PermanecióLi restis en GaliciaGalegio varioskelkajn mesesmonatojn ykaj escribió laverkis justificaciónpolitikan políticajustigon de susia actuaciónagado en la Junta Central, nome ''Memoria en defensa de la Junta Central'', quekiu se imprimiópresiĝis en [[La CoruñaKorunjo]]. TrasPost la marchaforiro de losla francesesfrancoj deel GijónĤiĥono, ella [[27-a de julio]] de 1811 dejóabandonis [[GaliciaGalegio]]n ykaj volviórevenis aal GijónĤiĥono, aunquekvankam unfranca contraataquekontraŭatako francésdevigis hizolin quedenove tuviera que marcharse una vez másforiri. EnfermoMalsano deje pulmoníapulmoj muriómortiĝis en [[Puerto de Vega]] ella [[27-a de noviembrenovembro]] de [[1811]].
