Post la venko de la [[Irana revolucio|islama revolucio]] en 1979 Ruhollah Ĥomejni nomumis lin la ano de la [[Revolucia konsilio]]. Poste li estis ankaŭ la vendreda mulao en [[Tehrano]], la prezidanto de Irano, la prezidanto de la [[Supera konsilio pri nacia sekureco de Irano|Supera konsilio pri nacia sekureco]], la administranto de la [[Armeo de la Gardistoj de la Islama Revolucio]], la ministro pri defendo ktp.
En junio 1981 Ĥamenei ricevis la gravan vundon de dekstra mano, kiam la bombo, kaŝita ene de telekamero, eksplodis dum lia gazet-konferencio. Tiun atencon aranĝis la [[Organizaĵo de la moĝahedojmuĝahidoj de la irana popolo]].<ref name="profil"/><ref>[http://www.nytimes.com/1987/09/23/world/a-star-of-iran-finds-destiny-against-him.html A Star of Iran Finds Destiny Against Him. By YOUSSEF M. IBRAHIM, Special to the New York Times] {{en}}</ref> Samjare, post la murdo de la prezidanto [[Mohamed Ali Raĝai]], li estis elektita al tiu posteno, iĝinte la unua prezidanto-kleriko.<ref name="ret"/><ref name="liz"/><ref>[http://www.huffingtonpost.com/ali-a-rizvi/the-one-thing-39-million_b_216945.html The One Thing 39 Million Iranians Decisively Voted For] {{en}}</ref> Li gvidadis la landon dum [[Iraka-irana milito]] kaj estis reelektita en 1985.<ref name="rer">[http://www.carnegieendowment.org/publications/index.cfm?fa=view&id=19975 Reading Khamenei: The World View of Iran's Most Powerful Leader. Karim Sadjadpour. Carnegie Endowment Carnegie Endowment Report, March 2008] {{en}}</ref><ref name="liz"/> En januaro 1989 Ĥamenei estis kandidatigita kaj la {{daton|4|junio}} oficiale elektita la [[plej Supera Gvidanto de Irano]], por kio al li rapide aldoni la statuson de ajatolo. Ankaŭ li devis havi la statuson «[[granda ajatolo|marĝa]]» (do: «la sekvinda ekzemplo»), tamen tiu estis donita lin nur en 1994.<ref name="rer"/><ref name="liz"/><ref name="profil"/><ref>[http://www.mianeh.net/en/articles/print.php?aid=172 Arash Farid. Questions Over Future of Supreme Leader Role. 3 February 2009] {{en}}</ref><ref>[http://www.iranian.com/Opinion/Jan98/Behrooz/index.html Leadership & legitimacy. The Iranian] {{en}}</ref> Al tiu elektado helpis la subtenado de la gvidantoj de la «Societo de la luktanta klerikaro» – [[Ali Akbar Haŝemi Rafsanĝani]] kaj [[Ahmad Ĥamenei]].
Sed plimulto da superaj iranaj estroj estis la adeptoj de ajatoloj el la urbo Kum kaj do ne plene agnoskas la sciencan aŭtoritaton de Ali Ĥamenei. Malgraŭ, ke li konsideriĝis unu el plej bonaj adeptoj de Ruhola Ĥamenei, li neniam havis tian aŭtoritaton, kiel aliaj ajatoloj. Siavice la lernantoj de la Maŝhada seminario kaj tiu de la Kuŝa seminario subtenas lin.
