La areo de Brixen estis loĝita ekde la [[paleolitiko]] (8-a jarmilo a.K.). Estis trovita anakaŭ sidejo de la malfrua ŝtonepoko . En 15 a.K. la areo estis konkerita fare de la [[Romio|romianoj]], kiuj havis sian ĉefan sidejon en la proksima [[Säben]] (Sabiona). Ili tenis ĝin ĝis proksimume 590, kiam ĝi estis okupita fare de [[Bavario|bavaroj]].
La unua mencio de Brixen datiĝas al 901 en dokumento emisiita fare de la Reĝo de Germanio [[Ludoviko IIIla 4-a (la Infanoinfano)]]. En ĝi teritorio nomita ''Prihsna'' estas asignita al Zacharias, episkopo de [[Säben]]. Post iom da tempo el "Prihsna" iĝis la nuna nomo Brixen. La episkopoj moviĝis ĉi tien de Säben en 992, post kiam la katedralo estis finita.
Dum jarcentoj Brixen estis multinflua sidejo de princaj episkopoj, kiuj de 1027 ĝis 1803 estis princoj de [[Sankta Romia Imperio]]. En 1039 la episkopo de Brixen, Poppo, estis levita al Papo (Damasus[[Damaso II.la 2-a]]) fare de imperiestro [[Henriko la 3-a (Sankta Romia Imperio)|HenryHenriko IIIla 3-a]]. Tamen lia regado daŭris nur 23 tagojn. En 1115 unua vico de muroj ĉirkaŭantaj Brixen estis kompletigita.
La episkopejo estis sekularizita en 1803 kaj aneksita fare de la [[Aŭstra imperio]]. Post la fino de [[Unua mondmilito|1-aUnua Mondmilito]] Brixen estis aneksita fare de Italio. Nuntempe ĝi dividas la episkopan sidejon kun la provinca ĉefurbo de la provinco [[Bolzano-Bozen]] (Dioceso Bolzano-Brixen).
